在有機肥生産設備中有堆肥設備，雖然它不像造粒機、烘幹機、粉粹機那樣有著很高的知名度以及廣泛的市場。堆肥過程是利用有益微生物和高等動物生命體來分解工業、城市和農業廢物中的有機質。可以是有機肥各項微量元素保持平衡，到達最佳效果。
堆肥過程是一個對植物遺體及其他一年生植物的分解過程，該過程中能産生一些對室內植物或富饒菜園土地非常有幫助的物質。在自然界，有機廢物會在生化過程中被分解。蠕蟲、昆蟲、真菌、細菌和其他微生物都能將廢物“嚼碎”。好的發酵過程會給微生物提供適宜的環境條件。堆肥過程是一個微生物過程，能將有機廢物轉化成穩定、衛生、類腐殖質的産品以便改善土壤成分。發酵原住微生物菌群的添加能夠提高分解速度與效率，因爲這些菌群是經過篩選、馴化、培養並改良的高濃縮細菌與真菌混合物。這些菌種被選來更好的生存與繁殖、同時制造酶並分解有機廢物，從而在堆肥生成過程中加速有機質的分解。
通過向堆肥固有的天然微生物菌群中添加經過篩選、馴化、培養和改良的、具有更好的生存能力和更快的繁殖能力且産酶能力強的、高度濃縮的有益菌群，將會加強有機質的分解。分解木質纖維素菌體的標准概念是先打開纖維結構使糖可用于不同微生物的新陳代謝。微生物利用纖維素酶、木聚糖酶、a-澱粉酶、蛋白酶、分解木質素的酶等從纖維素、半纖維素、蛋白質、澱粉和其他碳水化合物中向堆肥釋放糖分。目標菌在堆肥中的生長加強了，就能有效抑制雜菌和脊椎動物的生長，從而防止産生臭味和致病菌等有害物質。
通過有機肥生産設備加工過的有機肥能夠改善土壤結構、紋理與通風，增強土壤的保水能力；疏松粘質土壤，幫助沙質土保存水分；改善土壤肥度，刺激植物健康根系的發達；堆肥中的有機質爲微生物提供食物，而微生物則維持土壤的健康與平衡；微生物在攝取食物的同時能産生氮、磷、鉀，因而可減少化學肥料的投入，降價成本；節約垃圾掩埋場地，減少因垃圾掩埋瀝出液所造成的土地汙染和水汙染；可用作農田或菜地的施用肥。
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